വിവാദങ്ങളൊഴിഞ്ഞ രാഷ്ട്രീയ ജീവിതമൊന്നുമായിരുന്നില്ല ജോര്‍ജ് ഫെര്‍ണാണ്ടസിന്റേത്. ഒളിഞ്ഞും തെളിഞ്ഞുമായി പലപ്പോഴും വിവാദങ്ങള്‍ അദേഹത്തെ പിന്തുടര്‍ന്നു. രാഷ്ട്രീയ രംഗത്തും വ്യക്തി ജീവിതത്തിലും ഉടലെടുത്ത സന്ദര്‍ഭങ്ങള്‍ വാര്‍ത്തകളില്‍ നിറഞ്ഞു. അടിയന്തരാവസ്ഥക്കാലത്തെ വിപ്ലവ നിലപാടുകള്‍, പ്രതിരോധ മന്ത്രാലയത്തിലെ ആയുധം വാങ്ങല്‍ ഇടപാടുകളിലെ അഴിമതി ആരോപണം, ആയുധ ഇടപാടുകള്‍ക്കായി പ്രതിരോധ മന്ത്രിയുടെ ഔദ്യോഗിക വസതി ദുരുപയോഗപ്പെടുത്തിയെന്ന തെഹല്‍കയുടെ വെളിപ്പെടുത്തല്‍, തുടര്‍ന്നുള്ള രാജി, സത്യം തെളിയാതെ തിരിച്ചില്ലെന്ന പ്രസ്താവന മറന്നു മന്ത്രിയായുള്ള തിരിച്ചുവരവ്, ശവപ്പെട്ടി കുംഭകോണം, സിഎജി റിപ്പോര്‍ട്ട് പരിശോധിച്ച പബ്ലിക് അക്കൗണ്ട്‌സ് കമ്മിറ്റിയോടുള്ള നിസ്സഹകരണം... ഔദ്യോഗിക ജീവിതത്തില്‍ അദ്ദേഹത്തിന്റെ പേര് പരാമര്‍ശിക്കപ്പെട്ട വിവാദങ്ങളുടെ പട്ടിക നീളുന്നു.
അടിയന്തരാവസ്ഥക്കാലത്ത് ജോര്‍ജ് ഫെര്‍ണാണ്ടസ് യുഎസ് ഏജന്‍സിയായ സിഐഎയോട് സഹായം തേടിയെന്ന വിക്കീലിക്‌സ് വെളിപ്പെടുത്തല്‍ വിവാദമായിരുന്നു. അമേരിക്കന്‍ സാമ്രാജ്യത്വത്തിന്റെയും വിദേശ മൂലധനത്തിന്റെയും കടുത്ത ശത്രുവായി അറിയപ്പെട്ടിരുന്ന അദ്ദേഹം അടിയന്തരാവസ്ഥക്കാലത്തു യുഎസ് ചാരസംഘടനയായ സിഐഎയില്‍നിന്നും ഫ്രഞ്ച് സര്‍ക്കാരില്‍ നിന്നും ധനസഹായത്തിനു ശ്രമിച്ചതായിട്ടായിരുന്നു വിക്കിലിക്‌സ് വെളിപ്പെടുത്തല്‍. ഫ്രഞ്ച് സര്‍ക്കാരിനോട് സാമ്പത്തിക സഹായം തേടിയെങ്കിലും ലഭിക്കാതെ വന്നതിനെ തുടര്‍ന്ന് സിഐഎയെ സമീപിക്കുകയായിരുന്നുവെന്നായിരുന്നു ആരോപണം. ഇന്ദിരാ ഗാന്ധി നേതൃത്വം നല്‍കുന്ന സര്‍ക്കാരിനെതിരെ വിമത പ്രവര്‍ത്തനം നടത്തുന്നതിനായിരുന്നു ഇത്.
തമിഴ് പുലികള്‍ ഉള്‍പ്പെടെ പല വിഘടനവാദ പ്രസ്ഥാനങ്ങളോടും സംഘടനകളോടും ആഭിമുഖ്യം പുലര്‍ത്തിയിരുന്ന നേതാവു കൂടിയായിരുന്നു ജോര്‍ജ് ഫെര്‍ണാണ്ടസ്. 1997ല്‍ വാജ്പേയ് സര്‍ക്കാരില്‍ ചേരുന്നതിന് മുന്‍പ് ഡല്‍ഹിയില്‍ എല്‍ടിടിഇയ്ക്ക് അനുകൂലമായി ജോര്‍ജ് ഫെര്‍ണാണ്ടസിന്റെ നേതൃത്വത്തില്‍ പൊതുയോഗം സംഘടിപ്പിക്കുക പോലും ചെയ്തിരുന്നു. ഇതേറെ വിവാദമായി. 1998 ജൂലൈയില്‍ പ്രതിരോധമന്ത്രിയായിരിക്കെ തമിഴ് പുലികള്‍ക്കുള്ള ആയുധങ്ങളുമായി പോകുന്നതെന്ന് സംശയിക്കപ്പെട്ട കപ്പല്‍ പിടിച്ചെടുക്കാനുള്ള ഇന്ത്യന്‍ നാവികസേനയുടെ ശ്രമത്തിന് ജോര്‍ജ് ഫെര്‍ണാണ്ടസ് തടയിട്ടതായി ആരോപണമുയര്‍ന്നിരുന്നു. സ്വതന്ത്രരാജ്യത്തിനായി ചൈനയ്‌ക്കെതിരെ പോരാടിയിരുന്ന ടിബറ്റുകാര്‍ക്കും ജോര്‍ജ് ഫെര്‍ണാണ്ടസ് പിന്തുണ നല്‍കിയിരുന്നു. മ്യാന്‍മറില്‍ പട്ടാളഭരണത്തിനെതിരെ പൊരുതിയിരുന്ന വിമത സംഘടനകളോടും അദേഹം ഐക്യദാര്‍ഢ്യം പ്രഖ്യാപിച്ചു.
പ്രതിരോധമേഖലയിലെ അഴിമതി പുറത്തുകൊണ്ടുവന്ന ആദ്യത്തെ ഒളിക്യാമറ ദൗത്യമായിരുന്നു തെഹല്‍ക ന്യൂസ് പോര്‍ട്ടല്‍ നടത്തിയ ഓപ്പറേഷന്‍ വെസ്റ്റ് എന്‍ഡ്. ജോര്‍ജ് ഫെര്‍ണാണ്ടസ് പ്രതിരോധ മന്ത്രിയായിരിക്കെ 2000 ഡിസംബര്‍ 23 മുതല്‍ 2001 ജനുവരി ഏഴു വരെയുള്ള 16 ദിവസങ്ങള്‍ക്കിടയിലാണ് തെഹല്‍ക്കയുടെ ഒളിക്യാമറ ഓപ്പറേഷന്‍ നടന്നത്. 2001 മാര്‍ച്ച് 13നാണ്, ഇന്ത്യന്‍ രാഷ്ട്രീയത്തില്‍ കോളിളക്കം സൃഷ്ടിച്ച ദൃശ്യങ്ങള്‍ തെഹല്‍ക്ക പുറത്തുവിട്ടത്. അന്നത്തെ പ്രതിരോധമന്ത്രി ജോര്‍ജ് ഫെര്‍ണാണ്ടസ്, ബിജെപി ദേശീയ അധ്യക്ഷന്‍ ബംഗാരു ലക്ഷ്മണ്‍, സമതാ പാര്‍ട്ടി ദേശീയ അധ്യക്ഷ ജയ ജയ്റ്റ്ലി എന്നിവരാണ് ആരോപണ വിധേയരായത്. ഈ വിവാദത്തെത്തുടര്‍ന്നു ലക്ഷ്മണും ജയ്റ്റ്‌ലിയും ഫെര്‍ണാണ്ടസും രാജിവച്ചെങ്കിലും അന്വേഷണം പാതിവഴിയെത്തുംമുന്‍പേ ഫെര്‍ണാണ്ടസ് മന്ത്രിസഭയില്‍ തിരിച്ചെത്തി.
ഫെര്‍ണാണ്ടസ് പ്രതിരോധ മന്ത്രിയായിരിക്കെ പ്രതിരോധ വകുപ്പ് ഇസ്രയേലുമായി നടത്തിയ ബരാക് മിസൈല്‍ ഇടപാടിന്റെ പേരിലും അദ്ദേഹം ഏറെ പഴികേട്ടു. മിസൈലുകള്‍ വാങ്ങാന്‍ ഇസ്രയേലുമായി ധാരണ ഉണ്ടാക്കിയിരുന്നെങ്കിലും അഴിമതി ആരോപണം ഉയര്‍ന്നതിനെ തുടര്‍ന്ന് 2006-ല്‍ ഫെര്‍ണാണ്ടസ്, ജയാ ജയ്റ്റ്ലി എന്നിവരുള്‍പ്പെടെയുള്ളവര്‍ക്കെതിരെ സിബിഐ എഫ്‌ഐആര്‍ റജിസ്റ്റര്‍ ചെയ്തിരുന്നു. കാര്‍ഗില്‍ യുദ്ധവേളയിലെ ശവപ്പെട്ടി കുംഭകോണക്കേസിലും ഫെര്‍ണാണ്ടസിന്റെ പേര് ചര്‍ച്ചയായിരുന്നു. കാര്‍ഗില്‍ യുദ്ധത്തില്‍ വീരചരമം പ്രാപിച്ച സൈനികര്‍ക്കു വേണ്ടി യുഎസില്‍നിന്നു നിലവാരം കുറഞ്ഞ അലൂമിനിയം ശവപ്പെട്ടികള്‍ വന്‍ വിലകൊടുത്തു വാങ്ങിയെന്നായിരുന്നു ആരോപണം. എന്നാല്‍, കേസില്‍ സിബിഐ കുറ്റപത്രം തയാറാക്കിയപ്പോള്‍ അന്നു പ്രതിരോധ മന്ത്രിയായിരുന്ന ജോര്‍ജ് ഫെര്‍ണാണ്ടസിനെതിരെ പരാമര്‍ശമൊന്നുമുണ്ടായിരുന്നില്ല.
സൈന്യത്തിനായി വാഹനങ്ങള്‍ വാങ്ങിയ ഇടപാടിലും അഴിമതി നടത്തിയതായി ജോര്‍ജ് ഫെര്‍ണാണ്ടസിനെതിരെ ആരോപണമുയര്‍ന്നിരുന്നു. അദ്ദേഹം പ്രതിരോധ മന്ത്രിയായിരുന്നപ്പോള്‍ 1999ല്‍ 87 സൈനിക വാഹനങ്ങള്‍(എ.ആര്‍.വി) വാങ്ങിയതില്‍ പലകുറി ഇടപെട്ടതായും ടെന്‍ഡറില്‍ ഏറ്റവും ഉയര്‍ന്ന തുക കാണിച്ച കമ്പനിക്ക് കരാര്‍ അനുവദിച്ചതിലൂടെ സര്‍ക്കാരിന് 51.83 കോടി രൂപ നഷ്ടമുണ്ടാക്കിയതായും സിബിഐ പ്രത്യേക കോടതിയില്‍ നല്‍കിയ പ്രഥമവിവര റിപ്പോര്‍ട്ടില്‍ വ്യക്തമാക്കിയിരുന്നു.
ഇന്ത്യ-യുഎസ് ആണവകരാറുമായി ബന്ധപ്പെട്ട് പ്രധാനമന്ത്രി മന്‍മോഹന്‍ സിങ്ങിനെക്കുറിച്ചു ജോര്‍ജ് ഫെര്‍ണാണ്ടസ് നടത്തിയ പരാമര്‍ശവും ഏറെ വിമര്‍ശനം ക്ഷണിച്ചുവരുത്തി. ഇതുമായി ബന്ധപ്പെട്ട് അദ്ദേഹം പുറപ്പെടുവിച്ച രണ്ടു പേജ് പ്രസ്താവനയിലാണു പ്രകോപനപരമായ പരാമര്‍ശമുണ്ടായിരുന്നത്. 'ചൈനയിലായിരുന്നെങ്കില്‍ ഇദ്ദേഹത്തിന്റെ തലയ്ക്ക് ഒരൊറ്റ വെടിവച്ചു പ്രശ്‌നം തീര്‍ത്തേനെ' എന്നായിരുന്നു ഫെര്‍ണാണ്ടസിന്റെ വാക്കുകള്‍. അമേരിക്കന്‍ പാര്‍ലമെന്റിനെ പ്രസിഡന്റാണു തെറ്റിദ്ധരിപ്പിക്കുന്നതെങ്കില്‍ അദ്ദേഹത്തിന്റെ കസേര തെറിക്കുമെന്നും ചൈനയിലാണെങ്കില്‍ വെടിവച്ചു കൊല്ലുമെന്നുമാണു പറഞ്ഞതെന്ന് അദ്ദേഹം പാര്‍ലമെന്റിനു പുറത്ത് ആവര്‍ത്തിക്കുകയും ചെയ്തു.