കടുത്ത വേനലിലും ജലസമൃദ്ധിയിലാണ് ഇരിങ്ങാലക്കുടയിലെ കൂടൽമാണിക്യം കുളങ്ങൾ. ക്ഷേത്രത്തിന്റെ 4 ഭാഗത്തായാണ് ഇപ്പോഴും വറ്റാത്ത കുളങ്ങുളുള്ളത്. ക്ഷേത്ര മതിൽക്കെട്ടിനകത്ത് വടക്ക് ഭാഗത്ത് കുലീപിനി തീർഥക്കുളം, മതിൽക്കെട്ടിന് പുറത്ത് കിഴക്കെ നടയിൽ കുട്ടംകുളം, തെക്കേ നടയിൽ തെക്കേക്കുളം, പടിഞ്ഞാറെ നടയിൽ പാത്രക്കുളം എന്നിവയാണുള്ളത്. പ്രദേശത്തെ കിണറുകളിൽ ജലനിരപ്പ് താഴാതെ സംരക്ഷിക്കുന്നതിൽ ഇൗ കുളങ്ങൾക്ക് വലിയ പങ്കുണ്ട്. പലയിടങ്ങളിലുണ്ടായിരുന്ന ‌ സ്വാഭാവിക നീർത്തടങ്ങൾ നികത്തപ്പെട്ടെങ്കിലും ക്ഷേത്രവുമായി ബന്ധപ്പെട്ട് കിടക്കുന്നതിനാൽ  ഇവ സംരക്ഷിക്കപ്പെട്ടു.

കുട്ടംകുളത്തിന്  ഒരു ഏക്കറിൽ അധികം വിസ്തൃതിയുണ്ട്. വളരെ ശാസ്ത്രീയമായ രീതിയിൽ ദീർഘ ചതുരാകൃതിയിൽ നിർമിച്ച ഈ കുളത്തിൽ നിഴൽ വീഴില്ലെന്ന പ്രത്യേകതയുമുണ്ട്. മഴക്കാലത്ത് ക്രമാതീതമായി വെള്ളമുയർന്നാൽ ഒഴുകി പോകാൻ ആധുനിക എൻജിനീയറിങ് സംവിധാനങ്ങളെ പോലും വെല്ലുന്ന ഡ്രൈയിനേജ് സംവിധാനവും ഉണ്ട്. ഉണ്ണായി വാരിയരുടെ വീടിനടുത്താണ് തെക്കേക്കുളം. വിസ്തൃതി ഒരേക്കറിലധികമാണ്. 2 ചുറ്റിനും പടവുകളുള്ള കുളംകുളിക്കാൻ ഉപയോഗിക്കുന്നത്. പടിഞ്ഞാറ് ഭാഗത്തുള്ള പാത്രക്കുളമെന്നും താമരക്കുളമെന്നും വിളിക്കുന്ന കുളത്തിന് അരയേക്കറാണ് വിസ്തൃതി.

കഴിഞ്ഞ ദേവസ്വം ഭരണസമിതിയുടെ കാലത്ത് തെക്കേക്കുളവും പടിഞ്ഞാറെ കുളവും ചുറ്റുമതിൽ കെട്ടി നവീകരിച്ചു. ക്ഷേത്ര മതിൽക്കെട്ടിനകത്ത് വടക്ക് ഭാഗത്ത് ക്ഷേത്രത്തിന്റെ ഏകദേശം മൂന്നിലൊന്ന് ഭാഗം വരുന്ന സ്ഥലത്താണ് കുലീപിനി തീർഥക്കുളം സ്ഥിതി ചെയ്യുന്നത്. ഗംഗ, യമുന, സരസ്വതി എന്നീ നദികളിലെ വെള്ളമാണ് ഉറവയായി ഈ കുളത്തിലെത്തുന്നതെന്നാണ് വിശ്വാസം. തീർഥകുളത്തിന്റെ തെക്ക് ഭാഗത്ത് മധ്യത്തിൽ ക്ഷേത്രാവശ്യങ്ങൾക്കുള്ള വെള്ളമെടുക്കാൻ പ്രത്യേകം കെട്ടി തിരിച്ചിട്ടുണ്ട്. കിഴക്കെ നടപ്പുരയുടെ വടക്ക് ഭാഗത്തുള്ള പടവിലൂടെ ഇറങ്ങിയാണ് പൊഞ്ഞനം ഭഗവതിയുടെ ആറാട്ട് നടക്കുക.