പ്രളയത്തെ തുടർന്നുള്ള മാറ്റത്തിൽ പമ്പാനദിയിലെ മൽസ്യസമ്പത്ത് നശിക്കുന്നു. ലക്ഷക്കണക്കിന് മീനുകൾ പ്രളയത്തിൽ ഒഴുകിപ്പോയതിന് പിന്നാലെയാണ് മൽസ്യസമ്പത്ത് നശിക്കുന്നത്. പമ്പയിലെ ഡാമുകൾ തുറന്നുവിട്ടതോടെ നദിയിൽ വ്യാപകതോതിൽ ചെളികലർന്ന മണൽ അടിഞ്ഞുകൂടിയിരുന്നു. നീരൊഴുക്ക് കുറഞ്ഞതോടെ വൻ മണൽക്കൂനകൾ നദിയുടെ മിക്കഭാഗങ്ങളിലും കാണാം. ചെളിനിറഞ്ഞ ഈ മണലാവാം മൽസ്യ സമ്പത്ത് നശിക്കാൻ പ്രധാന കാരണമെന്ന് പറയപ്പെടുന്നു. ഇതിനു പുറമെ മൽസ്യങ്ങളുടെ ആവാസ വ്യവസ്ഥയിൽ പ്രളയത്തോടെ ഉണ്ടായ മാറ്റവും നാശത്തിന് ആക്കംകൂട്ടി. നദിയിലെ കല്ലുകൾക്കുള്ളിലെ പൊത്തുകളിലും മറ്റും ജീവിക്കുന്ന ആരകൻ ഇനത്തിൽപ്പെട്ട മീൻ ഏതാണ്ട് പൂർണമായി അപ്രത്യക്ഷമായിരിക്കുകയാണ്.
നദിയിലെ ചെറുതുരുത്തുകളിലെ പച്ചപ്പുകൾക്കടിയിൽ ജീവിക്കുന്ന മീനുകളും ഇല്ലാതായി. കുറുവ, പള്ളത്തി, കല്ലേമുട്ടി, ചൊട്ടാവാള, വ്ലാഞ്ഞിൽ, മുഷി തുടങ്ങിയ മീനുകളും കാണാനില്ല. എന്നാൽ മണിമല, അഴുത ആറുകളിൽ മൽസ്യസമ്പത്ത് പൂർണമായി നശിച്ചിട്ടില്ലെന്ന് മീൻപിടിത്തക്കാർ പറയുന്നു. ഈ നദികളിൽ ഡാമുകൾ ഇല്ലാത്തതിനാൽ ചെളിമണൽ ഒഴുകി എത്തിയിട്ടുമില്ല.