എംജിആര്‍ മുതല്‍ മുല്ലപ്പെരിയാര്‍ വരെ കരുണാനിധിക്ക് കേരളത്തെ എതിര്‍ക്കാനുള്ള കാരണങ്ങളായിരുന്നു. തമിഴ് വാഴ്കയെന്ന മുദ്രാവാക്യവുമായി പതിന്നാലാം വയസില്‍ പ്രക്ഷോഭത്തിനിറങ്ങിയ കരുണാനിധി പക്ഷേ പല മലയാളികളുമായും ഉറ്റബന്ധം പുലര്‍ത്തിയിരുന്നു.
ആദ്യകാലത്തെ ഉറ്റനന്‍പന്‍ എംജിആറിന്റെ മലയാളിവേരുകള്‍ മുത്തുവേല്‍ ചികഞ്ഞത് പിന്നീട് അകന്നപ്പോഴാണ്. കരുണാനിധിയുടെ തീവ്രമായ തമിഴ് പ്രേമത്തോടൊപ്പം ചേര്‍ന്ന ഈ വിരോധം മലയാളികളോടുള്ള എതിര്‍പ്പായി വ്യാഖ്യാനിക്കപ്പെട്ടു.
കോയമ്പത്തൂരില്‍ ഒരു തിരഞ്ഞെടുപ്പില്‍ മല്‍സരിച്ച മലയാളികള്‍ ആക്രമിക്കപ്പെട്ടപ്പോള്‍ അന്യനാട്ടുകാര്‍ തമിഴ്നാട്ടില്‍ വന്ന് ആളാവണ്ട എന്നായിരുന്നു അദ്ദേഹത്തിന്റെ പ്രതികരണം. കരുണാനിധി പറഞ്ഞിട്ടില്ലെങ്കിലും ചില ഡിഎംകെക്കാര്‍ മലയാളികളെ ആക്രമിക്കുകയും ചെയ്തിരുന്നു.
എന്നാല്‍ 1996ൽ മുഖ്യമന്ത്രിയായപ്പോൾ തലപ്പത്തുള്ള മൂന്നു സ്ഥാനങ്ങളിലും മലയാളി ഉദ്യോഗസ്ഥരെ കരുണാനിധി നിയമിച്ചു. ചീഫ് സെക്രട്ടറി കെ.എ.നമ്പ്യാർ, ഡിജിപി രാജശേഖരൻ നായർ, ഇൻഡസ്ട്രീസ് സെക്രട്ടറി പി.സി.സിറിയക് എന്നിവരെ.
കരുണാനിധിയുടെ ഏറ്റവും അടുത്ത സുഹൃത്തുക്കളിലൊരാള്‍ മലയാളിയാണ് – അന്തരിച്ച നടൻ കൊച്ചിൻ ഹനീഫ. ഹനീഫ സംവിധാനം ചെയ്ത പാടാതെ തേനികൾ, പാശൈ പറവൈകൾ എന്നീ ചിത്രങ്ങൾക്കു തിരക്കഥ രചിച്ചതും കലൈജ്ഞറാണ്.
മലയാളികളോടു ദേഷ്യം എന്തിനെന്ന ഹനീഫയുടെ ചോദ്യത്തിന് ആദ്യം കടലാകുമ്പോൾ തിരകൾ പലതുണ്ടാകും, ചിലതു ദിശമാറി പോകും എന്ന തത്വം പറ‍ഞ്ഞു കരുണാനിധി. പിന്നീട് മറുചോദ്യം വന്നു. മലയാളിയായ എംജിആർ തമിഴ്നാട്ടില്‍ മുഖ്യമന്ത്രി ആയി. കേരളത്തിൽ ഒരു തമിഴനെ നിങ്ങള്‍ ആ സ്ഥാനത്തിരുത്തുമോ?